Der Hauptunterschied zwischen snRNA und snRNP besteht darin, dass snRNAs kleine nukleare RNA-Moleküle sind, während snRNPs oder kleine nukleare Ribonukleoproteine kleine nukleare RNA-Moleküle mit Proteinen sind.
snRNAs sind nicht-kodierende, biologisch aktive kleine RNA-Moleküle mit einer durchschnittlichen Größe von 150 Nukleotiden. Sie sind normalerweise in Verbindung mit Proteinen als snRNPs im natürlichen Zustand vorhanden. Daher sind snRNPs kleine Kern-RNA mit mehreren snRNP-spezifischen Proteinen. snRNPs sind an der Vermittlung oder Regulierung von posttranslationalen RNA-Prozessierungsereignissen wie Spleißen usw. beteiligt. Sowohl snRNA als auch snRNP befinden sich im Kern eukaryotischer Zellen.