Der Hauptunterschied zwischen Schwester- und Nicht-Schwester-Chromatiden besteht darin, dass Schwester-Chromatiden identisch sind und dasselbe Allel an denselben Orten enthalten, während Nicht-Schwester-Chromatiden nicht identisch sind und unterschiedliche Allele desselben Gens an denselben Orten enthalten.
Die zwei Arten von Chromatiden in der Zelle, die sich teilen, sind Schwesterchromatiden und Nichtschwesterchromatiden. Im Allgemeinen bilden sich Chromatiden in frühen Stadien der Zellteilung. Andererseits bilden sich während der Metaphase I der Meiose Nichtschwesterchromatiden. Sie sind im homologen Chromosomenpaar am Zelläquator vorhanden, während Schwesterchromatiden im selben Chromosom vorhanden sind. Darüber hinaus verbindet das Zentromer des Chromosoms die beiden Schwesterchromatiden miteinander.
