Der Hauptunterschied zwischen embryonalen und somatischen Stammzellen besteht darin, dass die embryonalen Stammzellen pluripotente undifferenzierte Zellen embryonalen Ursprungs sind, während somatische Stammzellen multipotente undifferenzierte Zellen sind, die aus Gewebe und Organen stammen.
Stammzellen sind undifferenzierte Zellen, die in echte Gewebe oder Organe hineinwachsen können. Im Allgemeinen gibt es zwei Hauptstammzelltypen als embryonale Stammzellen und adulte Stammzellen (somatische Stammzellen). Im Falle einer Differenzierung können embryonale Stammzellen in jeden Zelltyp differenzieren. Im Gegensatz dazu können somatische Stammzellen nur in mehrere gewebespezifische Zellen differenzieren. Daher sind embryonale Stammzellen pluripotent, während somatische Stammzellen multipotent sind. Mit einfachen Worten, die Fähigkeit zur Differenzierung ist in embryonalen Stammzellen im Vergleich zu somatischen Stammzellen hoch.