Der Hauptunterschied zwischen zufälliger und geprägter X-Inaktivierung besteht darin, dass die zufällige X-Inaktivierung die Inaktivierung eines väterlichen oder mütterlichen X-Chromosoms mit gleicher Wahrscheinlichkeit während der Gastrulation im Epiblasten ist, während die geprägte X-Inaktivierung eine nicht zufällige X-Inaktivierung des paternal abgeleiteten X ist Chromosom im extraembryonalen Gewebe von Säugetieren.
Die X-Inaktivierung ist ein Prozess, der bei weiblichen Säugetieren beobachtet wird. Im Allgemeinen haben Frauen zwei X-Chromosomen. Und bei weiblichen Säugetieren wird ein X-Chromosom inaktiv. Mit anderen Worten, ein X-Chromosom wird zu einer transkriptionell inaktiven Struktur. Sobald dies geschieht, bleibt dieses bestimmte X-Chromosom während der gesamten Lebensdauer der Zelle und ihrer Nachkommen im Organismus inaktiv. Darüber hinaus kondensiert das inaktivierte X-Chromosom zu einer kompakten Struktur, die als Barr-Körper bezeichnet wird, und es wird stabil in einem stillen Zustand gehalten. Der X-Inaktivierungsprozess hängt auch von der Kontrolle von zwei nicht-kodierenden komplementären RNAs ab. Die X-Inaktivierung tritt jedoch nicht bei Männern auf, die nur ein X-Chromosom haben. Darüber hinaus kann die X-Inaktivierung zufällig oder aufgrund von Prägungen auftreten.